超速扣12分怎么处理驾驶本还有3分?

如果您的驾驶本还有3分，但是因超速被扣了12分，那么您需要参加为期7天的道路交通安全法律、法规和相关知识学习，并参加考试。考试及格后，您的记分将被清除。

根据《机动车驾驶证申领和使用规定》，机动车驾驶人在一个记分周期内累积记分达到12分的，公安机关交通管理部门应当扣留其机动车驾驶证。因此，您的驾驶证将被扣留。

您需要在十五日内到机动车驾驶证核发地或者违法行为地公安机关交通管理部门参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。学习完毕后，车辆管理所将在二十日内对您进行考试。

如果您考试合格，您的记分将被清除，并且您的机动车驾驶证将被发还。如果您考试不合格，您需要继续参加学习和考试。如果您拒不参加学习，也不接受考试，那么您的机动车驾驶证将被公告停止使用。

请注意，如果您在一个记分周期内有两次以上达到12分或者累积记分达到24分以上，那么车辆管理所还将在道路交通安全法律、法规和相关知识考试合格后十日内对您进行道路驾驶技能考试。